José Manuel de Estrada nació en Buenos Aires el 13 de julio de 1842 en Buenos Aires. Hijo de José Manuel de Estrada y Barquín y de Rosario Périchon de Vandeuil y Liniers, quedó huérfano y fue educado por su abuela, María del Carmen de Liniers y Sarratea. El 14 de marzo de 1868 se casó con Elena Esteves Saguí. Tuvieron cinco hijos: José Manuel, Miguel, Alberto, María Elena y María Cecilia.
Estrada fue periodista, profesor, diputado y escritor, todos oficios de hecho, ya que no tuvo formación académica.
Se inició en el ámbito periodístico como redactor en 1860. Escribió en revistas como “La Guirnalda”, “Las Novedades” y “La Paz”, tres publicaciones de carácter confesional. Un año antes había escrito un opúsculo titulado Signum Foederis. Efectos sociales y religiosos. En 1864, ingresó como redactor de La Nación Argentina. Fue fundador y director de los periódicos El argentino (1873-1874), La Unión (1882-1889) y de la Revista argentina (1868-1872 y 1880-1882).
Estrada tuvo participación en diversas asociaciones.
En 1861, ejerció como secretario de la recién fundada Sociedad de San Francisco Javier, obra especial de la Sociedad de San Vicente de Paul, destinada al amparo y difusión de la cultura católica entre los artesanos de la ciudad de Buenos Aires. En 1864, con 22 años, fundó junto a Lucio V. Mansilla el Círculo Literario (1864-1866) donde ambos oficiaron de secretarios de la asociación.
Por decreto con fecha del 19 de abril de 1865, el Departamento de Guerra y Marina acordó dividir la Ciudad de Buenos Aires en cuatro distritos. Para el tercero, nombró a Estrada como miembro de la comisión responsable junto a Lorenzo Torres y Jorge Atucha.
En 1868 fue escogido como presidente del Consejo de Instrucción Pública de la Provincia de Buenos Aires y en 1871 se incorporó a la Convención Constituyente de la Provincia de Buenos Aires, en la que participó hasta el cierre de sus sesiones en 1873. También fue nombrando Subsecretario del Departamento de Relaciones Exteriores por decreto del 13 de octubre de 1868.
En 1883 se fundó La Asociación Católica y fue presidida por Estrada. Desde ella se promovió el debate público sobre la catolicidad o laicidad de la enseñanza.
También fue nombrado como miembro de la Comisión Central para la celebración del Centenario del General San Martín y repatriación de sus restos, a través del decreto promulgado el 24 de febrero de 1878.
En el ámbito educativo, Estrada tuvo diversos cargos como docente y directivo.
En octubre de 1866, el director de Escuelas de la Provincia de Buenos Aires, Luis José de la Peña, lo convocó para dictar un curso de Historia argentina en la nueva Escuela Normal de Profesores.
El 23 de febrero de 1869 el presidente Domingo F. Sarmiento decretó la creación de la Cátedra de Historia Argentina e Instrucción Cívica y nombró como su titular a Estrada. Allí, dedicó el primer semestre del curso a comentar el Dogma Socialista de Esteban Echeverría, que le dio materia para uno de sus principales libros: La Política liberal bajo la tiranía de Rosas, editado en 1874.
En 1869 fue Jefe del Departamento General de Escuelas, dejando noticia de sus trabajos y de la remoción de sus funciones en la Memoria sobre la educación común en la provincia de Buenos Aires, editada en 1870.
Durante 1875, a pedido del presidente Nicolás Avellaneda, tuvo a cargo la cátedra de Derecho constitucional y administrativo en la Facultad de Derecho de la Universidad de Buenos Aires, aunque no contaba con un título universitario. Las versiones taquigráficas de sus clases fueron reunidas en la obra Curso de Derecho Constitucional (1880).
Entre 1876 y 1883 fue Rector del Colegio Nacional de Buenos Aires.
En 1882 se llevó a cabo el Congreso Pedagógico del cual se retira el catolicismo. Estrada, en este contexto, reinstala la Asociación Católica de Buenos Aires y el debate a través de su diario sobre la futura Ley 1.420. Consecuencia de sus posiciones públicas, Estrada es removido por el Poder Ejecutivo de su cargo de Rector y Profesor del Colegio Nacional en julio de 1883 y en junio de 1884 de la cátedra universitaria de Derecho Constitucional y Administrativo.
En el ámbito político Estrada fue parte, desde 1871, de la Convención Provincial, diputado de la Legislatura entre 1873 y 1876 y diputado por la Provincia de Buenos Aires entre 1886 y 1889.
Estrada fue designado como ministro plenipotenciario ante el gobierno de Paraguay en junio 1893, durante la presidencia de Luis Sáenz Peña, puesto que ocupó hasta su muerte el 17 de septiembre de 1894 en Asunción, Paraguay. El 18 de septiembre de ese mismo año, el Departamento de Relaciones Exteriores decreta la repatriación de sus restos.
Estrada escribió numerosas obras sobre educación, historia y política argentina. Entre ellas se destacan: El génesis de nuestra raza, 1861; El catolicismo y la democracia, 1862; Ensayo histórico sobre la revolución de los comuneros del Paraguay en el siglo XVIII, 1865; Lecciones sobre la Historia de la República Argentina, 1868; Memoria sobre la educación común en la Provincia de Buenos Aires, 1870; La política liberal bajo la tiranía de Rosas, 1874; Curso de Derecho Constitucional, 1880.