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Este agrupamiento contiene documentos concernientes a antecedentes, instauración, organización y funcionamiento del Protomedicato de Buenos Aires. Existe documentación con fecha previa a 1799 referida a los hospitales de la ciudad, en especial constancias de gastos para la manutención de los enfermos.

En el fondo se encuentran los nombramientos de cirujanos, boticarios, sangradores y demás profesionales de la salud, rendiciones de cuenta, recibos de gastos efectuados en los hospitales de la ciudad (por ejemplo, el de San Francisco), comprobantes de erogaciones por la atención de los heridos ingleses en el hospital de Santo Domingo, informes sobre la situación hospitalaria y sobre las fumigaciones en hospitales, buques y otros lugares como consecuencia de la fiebre amarilla. También hay documentos sobre medidas sanitarias en relación a la viruela, sobre la inspección de los buques y diversos documentos emitidos por médicos, cirujanos, consultores, practicantes, sangradores y boticarios. Finalmente, se conservan las ordenanzas creadas para el régimen y gobierno de la Facultad de Farmacia, las comunicaciones entre O´Gorman y Fabre con el Virrey Marqués de Sobremonte, los informes a la Junta Superior de Farmacia y las solicitudes de examen y reconocimiento de los títulos de médicos, cirujanos y boticarios.