A través de la Real Orden del 19 de julio de 1798 de Carlos IV se erigió el Tribunal de Protomedicato de Buenos Aires como estaba acordado desde 1783. Dicha institución tenía jurisdicción y autoridad sobre todas las provincias del Virreinato del Río de la Plata y con independencia de los demás protomedicatos de Castilla, Lima y Perú. Su primer protomédico fue Miguel O’ Gorman, un hombre de origen irlandés, que había estudiado en París y Reims y llegado al Río de la Plata en 1776. El 18 de febrero de 1799, un bando del virrey Antonio Olaguer Feliú publicó la Real Orden del 19 de julio de 1798 por la cual se designaba al médico y al cirujano, dejándole al Virrey la facultad de nombrar al asesor, al escribano y al alguacil y el Auto del 21 de enero de 1799, comunicando la creación oficial de la institución, ratificando el nombrando de Miguel O’ Gorman como catedrático de medicina, y designando a José M. Carvallo como asesor, a José Rocha como escribano y a Miguel Mansilla como alguacil.
El Tribunal del Protomedicato de Buenos Aires era un cuerpo colegiado que tenía a su cargo la vigilancia del ejercicio del arte de curar, el control de la higiene y de la sanidad de la ciudad y de sus habitantes, y la formación de profesionales. Sus funciones comprendían desde asuntos de orden social, jurídico y administrativo hasta cuestiones de salud pública y enseñanza de la medicina.
En su rol de policía sanitaria, inspeccionaba el estado de salud de los tripulantes y pasajeros de los barcos que llegaban o partían de Buenos Aires, extendiendo las constancias oficiales reglamentarias. Su médico era perito en la venta de esclavos, asesoraba en temas referidos a la salud de los presos enfermos, fiscalizaba las importaciones y la tenencia de medicinas e intervenía en las denuncias contra los profesionales autorizados por faltas cometidas en el ejercicio de su profesión. Además, supervisaba las pruebas de competencia que debían rendir quienes aspiraban a ejercer las diferentes ramas de la salud: médicos, cirujanos, licenciados, boticarios y sangradores. Al mismo tiempo, tenía como atribución la formación de médicos y cirujanos. Durante el año 1800, O’ Gorman, junto a los médicos Cosme Argerich y José Capdevila, desarrolló el plan curricular de estudios para la Escuela de Medicina del Tribunal del Protomedicato de Buenos Aires. Cosme Argerich fue designado catedrático de Medicina y Agustín Fabre catedrático de Cirugía, Anatomía y Partos.
En el ámbito administrativo, el Protomedicato acordaba las licencias por enfermedad a los empleados militares y marinos e informaba sobre los problemas médicos que se vinculaban con el personal eclesiástico, administrativo, militar y naval. Con respecto a la sanidad militar, aprobaba los gastos médicos de las tropas y la prescripción de los fármacos, e informaba acerca del estado de salud en los casos de baja de este personal.
Si bien los hospitales no dependían directamente del Protomedicato, este organismo ejercía jurisdicción sobre la gestión hospitalaria, interviniendo en la mejora de la organización interna y de las condiciones higiénicas, mediante el suministro de camas, medicamentos, instrumental y ropas. Fiscalizaba el funcionamiento y aconsejando la ubicación de las casas hospitalarias y participando en el control de las epidemias. Por último, y en relación al ejercicio de la medicina, el Protomedicato perseguía y denunciaba los casos de curanderismo, incoaba los procesos contra los falsos médicos, cirujanos y boticarios castigaba las faltas y excesos cometidos por los facultativos, exigía la presentación de los títulos habilitantes y comprobaba la capacidad de sus poseedores sometiéndolos al examen reglamentario, visitaba periódicamente las farmacias para comprobar la calidad y el estado de los medicamentos, las condiciones de instalación, la forma de preparación de las recetas y los títulos profesionales, aplicando las medidas disciplinarias en los casos de infracción, controlaba los títulos profesionales, aconsejaba el destino que le correspondía a cada profesional, gestionando los traslados o permutas y regulando los honorarios, fijaba los aranceles para exámenes y visitas de boticas, imponía multas, administraba y distribuía los fondos percibidos en tal concepto entre sus miembros o los aplicaba a la finalidad que mejor le parecía, proveía asesoría médico-legal a la justicia, y, finalmente, determinaba la competencia o no de los aspirantes a desempeñarse como boticarios o como cirujanos.
Luego de la Revolución de Mayo de 1810, el Tribunal de Protomedicato quedó bajo la órbita del Ministerio de Gobierno cumpliendo con las mismas funciones que se le habían sido asignadas anteriormente.
El 11 de febrero de 1822, un decreto del gobierno de Martín Rodríguez y de su ministro, Bernardino Rivadavia, suprimió este organismo. En el artículo 2º del decreto se establecía que las funciones del Tribunal de Protomedicato iban a ser reasumidas por los catedráticos que componen en Departamento de Medicina y en el artículo 3º que el Protomedicato haría entrega al prefecto del Departamento de Medicina de un inventario de todos sus útiles, papeles y demás pertenencias.
