La Compañía de Jesús fue fundada el 15 de agosto de 1534 en Francia por el español Ignacio de Loyola y aprobada por el Papa Paulo III en 1540.
La organización y los principios rectores de las actividades de la Compañía de Jesús se establecieron en el Institutum Societatis Iesu, un documento que contenía la legislación general de la Orden, así como ciertas indicaciones prácticas para orientar sus actividades.
La Compañía arribó a América en 1540 y las primeras misiones que desembarcaron en el Río de la Plata, lo hicieron a partir de las gestiones realizadas por el diocesano del Tucumán, Monseñor Vitoria. En Buenos Aires, la primera casa o colegio de la Compañía de Jesús se fundó en 1608 y su licencia eclesiástica fue expedida por el Vicario General de la Diócesis del Río de la Plata. El Cabildo de Buenos Aires le cedió un solar ubicado en la Plaza Mayor, a metros de la fortaleza emplazada sobre la costa del río. Además, allí se construyó una capilla adjunta consagrada a Nuestra Señora de Loreto. A mediados del siglo XVII, y debido a la necesidad de liberar el frente oeste de la Fortaleza para completar las obras defensivas del puerto de Buenos Aires, el Colegio fue demolido. Luego de un arreglo realizado entre el gobernador Mercado y el Padre Rector del Colegio, Cristóbal Gómez, los jesuitas cobraron una indemnización con la cual adquirieron un terreno en la calle de la Santísima Trinidad, actual Bolívar, en el que edificaron, en 1662, el Colegio de San Ignacio y su iglesia adyacente.
En cumplimiento de la Fórmula de la Compañía de Jesús que establecía que la orden podía tener colegios de escolares, para comodidad de los estudios, dondequiera que algunas personas se decidieran por su devoción a construirlos y dotarlos, los jesuitas fundaron en Buenos Aires el Colegio de San Ignacio. Allí se enseñaban primeras letras, Gramática, Filosofía y Teología, de acuerdo a los lineamientos de la Ratio Studiorum, el programa de estudios de la Compañía que se hizo obligatorio a partir de 1599. El Colegio no expedía títulos superiores, era una institución dedicada a la educación media, y, sobre todo, a la formación católica.
La Compañía de Jesús estaba también a cargo de los pueblos misionales, una organización donde confluyeron religiosos e indígenas. El primero se estableció en 1610 en el sudeste del Paraguay, entre los ríos Tebicuary y Paraná llamado Misión de San Ignacio Guazú. Luego se fundaron las misiones de Salta, San Miguel de Tucumán y Santiago del Estero, como así también algunos asentamientos en el sur patagónico. El funcionamiento de las misiones se encontraba sujeto, por un lado, a la legislación indiana y, por el otro, a la interna de la Orden. Dentro de la estructura política del Imperio español, los pueblos respondían a los órganos superiores como el Rey o el Consejo de Indias y, en la práctica, a los gobernadores. Internamente, los jesuitas manejaban la administración espiritual y temporal de cada población en forma descentralizada. En las reducciones funcionaba un Cabildo, presidido por el Corregidor. Éste era elegido generalmente a perpetuidad por los caciques y su designación debía ser confirmada por el gobernador. Otras autoridades del ayuntamiento eran los alcaldes de primer voto y de segundo voto, que velaban por las buenas costumbres, castigaban a holgazanes y vagabundos y vigilaban a quienes se apartaran de sus deberes. Los secundaban cuatro alcaldes de barrio y ocho comisarios para los cuarteles. Además del corregidor y los alcaldes, el Cabildo estaba integrado por un teniente de corregidor, un alguacil, cuatro regidores, un alguacil mayor, un alférez real, un escribano y un mayordomo, del cual dependían los contadores, los fiscales y los responsables de los almacenes. Los integrantes del Cabildo eran electos en una asamblea general, por todos aquellos que dejaban el cargo, el 1 de enero de cada año. Los regidores inspeccionaban el aseo y la limpieza en los lugares públicos y privados, y controlaban la asistencia de los niños a la escuela y al catecismo. El alguacil se encargaba de ejecutar las órdenes del Cabildo y de la justicia. En la organización económica de las misiones se realizó conjuntamente entre la Compañía, la tradición guaraní y el régimen del gobierno colonial. Las principales ocupaciones de las misiones eran el abastecimiento de los pueblos, la organización de todas las actividades (agricultura, ganadería y artesanías) y de los agentes económicos y la colocación de los productos en el mercado exterior, a fin de cerrar con superávit las cuentas fiscales. El tributo alcanzaba a los indios varones entre los 18 y los 50 años.
Los jesuitas fueron expulsados de todos los dominios de España, Indias, Filipinas y demás adyacentes, mediante un decreto firmado en Madrid el 27 de febrero de 1767 por el Rey Carlos III. En América, se cerraron y expropiaron alrededor de 120 propiedades y estancias que fueron inventariadas y puestas a disposición de la Junta de Temporalidades.
