El Ministerio de Agricultura fue creado en 1898, y fue modificando sucesivamente su denominación, sus competencias y su jerarquía, hasta llegar a la actualidad como Ministerio de Agricultura, Ganadería y Pesca.
El primer antecedente de la institución se remonta a la Ley N° 450 de 1871, que creó el Departamento de Agricultura bajo la dependencia del Ministerio del Interior, con el objetivo de recoger y difundir conocimientos y noticias útiles sobre todas las materias relacionadas con la Agricultura; procurar, propagar y distribuir semillas y plantas nuevas y útiles; adquirir por medio de libros y correspondencia mantenida con agricultores del país o del extranjero, o con las oficinas públicas o sociedades de igual o análoga naturaleza, todos los informes concernientes a la agricultura, al adelanto de los cultivos, a la cría de ganados y a las mejores razas; hacer o mandar a hacer por personas competentes, experimentos prácticos y científicos tendientes a ensanchar los conocimientos en este ramo; levantar la estadística nacional de la agricultura estableciendo para ello una correspondencia especial con las autoridades de las Provincias, sea con los agricultores, compilando los datos y registrándolos de la forma más conveniente para su publicidad; procurar la adquisición de semillas y plantas de útil aplicación para el país, distribuyéndolas gratuitamente entre los agricultores que se distinguieran por su aplicación al progreso, acompañándolos con las instrucciones y noticias necesarias.
La Ley N° 761 de 1876 estableció la Oficina de Tierras y Colonias bajo la dependencia del Ministerio del Interior, cuyas atribuciones eran llevar un registro de las leyes, decretos y disposiciones que refirieran a la administración, gobierno, límites, explotación y población de los Territorios Nacionales y demás colonizados con intervención nacional; registrar las ventas, donaciones, concesiones, reservas, contratos y demás actos públicos relativos a la inmigración y colonización; proveer la exploración de los territorios que se consideren aptos para la colonización, proponiendo los medios para estudiarlos, en sus accidentes físicos, condiciones de cultivo, productos naturales y demás ventajas que ofrezcan; informar al Poder Ejecutivo sobre las ventajas e inconvenientes que ofreciera la venta de tierras, apertura de caminos, establecimiento de líneas de navegación marítima o fluvial y, en general, sobre todo proyecto o propuesta que se relacionara con la fundación y fomento de las colonias; suministrar al Poder Ejecutivo los datos que le fuesen exigidos, y proponerle los proyectos que considerase adecuados para facilitar la fundación, gobierno y desenvolvimiento de las colonias; proporcionar a las comisiones y agentes de inmigración y a cuantos lo solicitasen, los datos y conocimientos sobre la situación, productos, precios y demás condiciones de los terrenos a poblar; vigilar el cumplimiento de los contratos y compromisos relacionados con las colonias; formar la estadística de las colonias que existan o se funden, determinando el número y clase de inmigrantes que entren, así como la naturaleza y estado de sus industrias; presentar anualmente una memoria sobre el estado de cada colonia, determinando las causas de su adelanto, estacionamiento o decadencia, y proponiendo los medios adecuados para su desarrollo; presupuestar los gastos y llevar la contabilidad de los fondos invertidos en la colonización.
Mediante la Ley N° 3727 de 1898 se concretó una reforma ministerial dentro de la cual se creó el Ministerio de Agricultura, que comprendió el despacho de todos los asuntos relativos al régimen y fomento de la prosperidad agrícola industrial y comercial de la Nación, asignándosele las siguientes misiones y funciones: administración, mensura y enajenación de la tierra pública; inmigración y colonización; enseñanza agrícola y estímulo de la agricultura en los territorios federales y provincias; legislación rural y agrícola, estudios científicos y exploraciones relativas al progreso de la ganadería y agricultura; protección contra los epizootias, las epitifias, sequías, carestías, plagas y siniestros; estadística agrícola, información universal, valores, producción, inventos, útiles, semillas, métodos razas más perfectas, etc; hidráulica agrícola, sistemas de riego, primas al cultivo, árboles, jardinería y horticultura; museos, quintas agronómicas, jardines botánicos, laboratorios; mejora, desarrollo y protección de la ganadería, formación y dirección de las haras nacionales, selección de las especies más adecuadas a las necesidades y condiciones de la nación; legislación protectora de la industria ganadera, policía de seguridad e higiene y estímulo a las autoridades de la provincia en el mismo sentido; relación con las sociedades agrícolas y ganaderas privadas; entomología; minas y aguas termales y medicinales; régimen y dirección de los bosques nacionales y fomento de ellos en las provincias; caza y pesca en los mares y ríos del dominio federal.
Posteriormente, la Ley N° 13529 de 1949 efectuó una nueva reforma ministerial, con la cual la competencia del Ministerio Secretaría de Estado de Agricultura y Ganadería pasó a comprender lo inherente a la investigación, experimentación, orientación, fomento y fiscalización de la producción agrícola, ganadera, forestal y pesquera de la Nación, incorporándose las siguientes funciones: política agraria y social de la producción e intervención en el régimen de los arrendamientos rurales; la conservación y utilización racional de los suelos; conservación y fiscalización de la explotación racional de la flora y fauna naturales; coordinación de la producción con la comercialización e industrialización primaria; certificaciones de calidad de la producción agrícola-ganadera; fomentar y organizar la cooperación agraria; promover y organizar exposiciones, ferias y concursos en la Nación, publicaciones y demás actividades tendientes al fomento de los ramos de la producción que le compete; intervenir en la reglamentación y fiscalización del ejercicio de las profesiones directamente vinculadas a actividades en los ramos de su competencia.
Puntualmente acerca de la cuestión de tierras y colonias, la Dirección General de Tierras era la sección encargada de estos asuntos dentro del Ministerio en esta época. Esta Dirección tenía sus antecedentes en la Oficina de Tierras y Colonias que en sus comienzos dependió del Ministerio del Interior, creada por ley 761 del año 1875. La ley N° 8l7, de Inmigración y Colonización estableció la Oficina Central de Tierras y Colonias, desarrollando sus actividades el Departamento de Inmigración (Art. 63), hasta que por superior acuerdo de fecha 15/11/1880 la misma entró en funcionamiento. Por Decreto del 31/12/1891 se refundieron el Departamento de Agricultura, el Museo de Productos Argentinos y la Comisaría de Inmigración en la Oficina de Tierras y Colonias, denominándose “Dirección de Tierras, Inmigración y Agricultura”, y con fecha 21/03/1892 se organizó la Dirección en Secciones. En el período comprendido entre 1893 y 1894, la estructura se traspasó primeramente al Departamento de Relaciones Exteriores y con posterioridad al Ministerio de Justicia, Culto e Instrucción Pública, hasta que en 1899 se incorporó al Ministerio de Agricultura de reciente creación. En 1917, la Dirección General de Tierras y Colonias fue intervenida por Decreto del 18/03/1917, denunciada de encontrarse en un estado de total desorganización y abandono. Algunas décadas más tarde se denominaba Dirección General de Tierras, y su estructura fue modificada por lo menos mediante los Decretos 7378/49, 13063/50, 17626/51 y 14079/52. En el año 1959, y luego de la provincialización de los ex Territorios Nacionales, la Dirección General de Tierras, dependiente de la entonces Secretaría de Agricultura y Ganadería, se incorporó mediante Decreto 882/1959 al Consejo Agrario Nacional (CAN), ente autárquico responsable de la colonización oficial, relacionado con el Poder Ejecutivo Nacional a través del Ministerio de Agricultura y Ganadería (Decretos 2964/58, 10.336/65, 6266/71, 1947/73, 721/75). El CAN fue disuelto decreto 553/81, transfiriendo sus bienes a la Secretaría de Estado de Agricultura y Ganadería.
Retomando la estructura general del Ministerio, la Ley N° 14303 de 1954 incorporó y redefinió funciones del Ministerio de Agricultura y Ganadería, atribuyéndole: el régimen general de la tierra rural: propiedad, tenencia, uso y distribución; el reconocimiento, conservación, defensa y desarrollo de los recursos naturales renovables: suelo, bosques, praderas, parques nacionales, flora y fauna; la organización racional de las actividades agrícolas, ganaderas, forestal y pesquera; las condiciones de la vida y de los trabajos rurales; las informaciones meteorológicas; la mecanización de los trabajos agropecuarios; el auspicio de la electrificación rural y el asesoramiento en el régimen de regadío; la forestación y reforestación; el asesoramiento técnico en relación con los regímenes de trabajo, impositivo, cambiario, crediticio, migratorio y tarifario de transportes, en su competencia específica.
En 1958, la Ley N° 14439 conviertió al Ministerio de Agricultura y Ganadería en una Secretaría bajo la órbita del Ministerio de Economía, incorporándose las siguientes funciones: coordinación de la producción con la comercialización e industrialización primaria, Junta Nacional de Carnes y Junta Reguladora de Granos; defensa, desarrollo y aprovechamiento racional de la riqueza ictiológica.
La Ley N° 19.064 de 1971 reestableció al Ministerio de Agricultura y Ganadería hasta que la Ley N° 20524 de 1973 volvió a subordinarlo como Secretaría al Ministerio de Economía. La Ley N° 22.450 de 1981 devolvió el status ministerial a la institución, condición que volvió a perder con la Ley N° 22520 del mismo año para convertirse en Secretaría. El Decreto N° 185/2002 trasladó a la institución a la órbita del Ministerio de Producción. Con el Decreto N° 1283/2003 los Ministerios de Economía y de Producción se fusionaron. Finalmente el Decreto N° 1366/2009 creó el Ministerio de Agricultura, Ganadería y Pesca. Mediante Decreto N° 13/2015 el organismo cambió su denominación por Ministerio de Agroindustria.
El Decreto N° 801/2018 redujo el rango de la entidad a una Secretaría dependiente del Ministerio de Producción y Trabajo. Finalmente, por Decreto N° 532/2019 la repartición recuperó su anterior status como Ministerio de Agricultura, Ganadería y Pesca, condición ratificada por Decreto N° 7/2019.