Este fondo está compuesto por expedientes de investigaciones que contienen información diversa referida a personalidades, instituciones, empresas o hechos relacionados con los dos primeros gobiernos de Juan D. Perón. También hay una colección bibliográfica de libros que solían estar adjuntos a los expedientes (como se ha mencionado en la historia archivística), una colección de Afiches, y los expedientes originales por los que se tramitaban las Memorias de las comisiones. También se encuentran encuentran fotografías, impresos y objetos, que solían estar vinculados a los expedientes.
La amplitud de las investigaciones puede proveer información tanto del ámbito nacional como del internacional.
Asimismo, la variedad de las investigaciones puede informar acerca de diversas áreas del quehacer político, social, económico y cultural de la Argentina.
La mayor parte de la documentación se organiza en función de las distintas comisiones que la Fiscalía recibió de la Comisión Nacional de Investigaciones, a saber:
Comisión 01: "Superusina termoeléctrica de San Nicolás"
Comisión 02 “Irregularidades administrativas imputables al presidente depuesto”
Comisión 03 “Automotores de la capital”
Comisión 04 “Gestión económico financiera del Ministerio de Educación”
Comisión 05 “Dirección Nacional de Química”
Comisión 06 “Duarte-Álvarez Saavedra (Hoteles)”
Comisión 07 "Aloé-Díaz"
Comisión 08 "Alberto Teisaire"
Comisión 09 “Monumento a Eva Perón”
Comisión 10 “Dirección General Impositiva”
Comisión 11 "Jorge Antonio"
Comisión 11 apartado “La Rinconada”
Comisión 12 “Comisión Nacional de Energía Atómica”
Comisión 13 “Comisión Nacional de Aprendizaje y Orientación Profesional”
Comisión 14 “Gestión económico financiera Banco Central y organismos comercializadores
Comisión 15 “Román A. Subiza”
Comisión 16 “Ministerio de Asistencia Social y Salud Pública”
Comisión 17 “Cine, teatro y radio”
Comisión 19 “Banco Hipotecario Nacional”
Comisión 20 “Ministerio de Educación”
Comisión 21 "Subsecretaría de Prensa y Difusión"
Comisión 22 “Yacimientos Petrolíferos Fiscales”
Comisión 23 “Asuntos varios”
Comisión 24 “Ministerio de Comunicaciones”
Comisión 25 “Ministerio de Industria”
Comisión 26 “Fondos, agio y especulación
Comisión 27 “Empresas de transportes por agua dependientes del Ministerio de Transportes y Dirección de la Marina Mercante”
Comisión 28 “Ministerio de Transportes (ferrocarriles)”
Comisión N° 29 "Ministerio de Agricultura y Ganadería"
Comisión 30 “Administración de Casinos Marítimos”
Comisión 31 “Ex Secretaría de Asuntos Técnicos y Presidencia de la Nación”
Comisión 32 “Municipalidad de la Ciudad de Buenos Aires”
Comisión 33 “Dirección General de Aduanas y Contrabando”
Comisión 34 “Ministerio de Trabajo y Previsión”
Comisión 35 “FOCA S.A. y Ley Nº 14.122”
Comisión 36 “Ministerio de Obras Públicas”
Comisión 37 “Aerolíneas Argentinas”
Comisión 38 “Empresas Tricerri COFA y otras conexas”
Comisión 39 “Ex Fundación Eva Perón – Instituto Nacional de Acción Social”
Comisión 40 “Organismos dependientes hasta el 16/09/55 de la Presidencia de la Nación”
Comisión 41 “Ministerio de Transportes”
Comisión 42 “Censos, estadísticas y padrones electorales”
Comisión 43 “Enriquecimiento ilícito de ex-legisladores”
Comisión 44 “Transportes automotores, Villalonga, Furlong y Corporación de Transportes
Comisión 45 "Ministerio de Relaciones Exteriores y Culto"
Comisión 47 “Ministerio de Asuntos Políticos”
Comisión 48 “Ministerio de Interior y Justicia e Institutos Penales”
Comisión 49 “Irregularidades existentes en las distintas Asociaciones, Confederaciones Federaciones, Clubes, etcétera”
Comisión 50 “Ministerio de Hacienda”
Comisión 52 “Escuela Superior Peronista”
Comisión 53 "Caja Nacional de Ahorro Postal"
Comisión 54 Ad hoc "Muebles Sagasti"
Comisión Comisión Nº 55 "Propiedad Enemiga"
Comisión Comisión N° 56 "Radioemisoras Privadas"
Comisión 57 "Dirección Nacional de Puertos"
Comisión 58 “Policía Federal”
Comisión 59 “Alianza Libertadora Nacionalista”
Comisión 60 “Grupo Díaz”
Comisiones provinciales: Mendoza, Buenos Aires, Catamarca, Chaco, Chubut, Córdoba, Corrientes, Entre Ríos, Formosa, Jujuy, La Rioja, Neuquén, Misiones, La Pampa, Patagonia, Río Negro, Salta, San Juan, San Luis, Santa Fe, Santiago del Estero, Tucumán.