El fondo contiene documentación referida a las actividades de la Orden: construcción de templos, administración del convento, limosnas y donaciones, libros de gastos de la iglesia, recaudación e inversión en el ramo de sisa, capellanías, demandas por cobro de pesos, desalojos y entrevistas a los aspirantes al hábito de novicios. Con al Hospital de Santa Catalina, se conserva el detalle de los enfermos atendidos, las listas de soldados hospitalizados, las erogaciones de la botica, las solicitudes de medicamentos, los gastos del personal y las obras realizadas, el pedido de fondos para financiar su funcionamiento, los expedientes remitidos a la Real Hacienda reclamando compensaciones por la atención de soldados, y la distribución de insumos, como lienzos, velas y leña. También existen documentos sobre la administración de las estancias, como inventarios, libros de ingresos y gastos, esclavos y peones, y mensura de tierras.
