Se preservan manuales, folletos, notas, comunicaciones, informes, contratos, estatutos, anexos de Pliegos de Licitación y folletería.

La documentación que estamos presentando está compuesta por las series:
a) Libros contables e inventario Administración Central,
b) Libros contables e inventario Astillero Río Santiago,
c) Libros contables e inventario copiadores AFNE,
d) Libros contables e inventario FANAZUL,
e) Libros de actas de directorio AFNE,
f) Memoria y Balance General,
g) Disposiciones generales,
h) Circulares de Presidencia.
La Administración Central y la Dirección tenían su asiento en la Capital Federal. El Astillero Río Santiago se desempeñaba en las especialidades de construcción naval y construcción mecánica. Estaba situado en la margen derecha del Río Santiago, un afluente del Río de La Plata, en la ciudad de Ensenada.
La Fábrica Naval de Explosivos Azul (FANAZUL) estaba especializada en la fabricación de explosivos y otros productos químicos, tanto para uso militar como para uso industrial. Estaba situada a 32 km de la Ciudad de Buenos Aires.

Consiste únicamente en sumarios por infracción al Código de Justicia Militar dentro de la Armada en los que no llegó a intervenir el Consejo Supremo de las Fuerzas Armadas y por lo tanto no quedaron en su archivo (a diferencia de los del fondo Archivo Histórico de la Justicia Militar). Por ser sumarios propios de la Armada, dentro del archivo de esa Fuerza recibían el nombre atribuido de "Legajo Natural".

Se preservan únicamente libros de actas del Directorio correspondientes a los años 1976-1983.

Las principales series que integran este fondo documental son:

• Sumarios por infracción al Código de Justicia Militar: son las investigaciones realizadas a personal de Ejército, Marina, Aeronáutica y Gendarmería ante una infracción al Código de Justicia Militar. Los mismos podían ser iniciados por el inmediato superior del causante informando a la máxima autoridad de la infracción quien ordenaba dar parte al juzgado de instrucción militar, encargado de instruir el sumario para iniciar la investigación. En el sumario se encuentran las actuaciones e interrogatorios realizados por el fiscal y el abogado defensor y la sentencia. De acuerdo con el Consejo de Guerra que intervenga son los otros tipos documentales que se suman a los antes mencionados. Los sumarios se encuentran separados por Fuerza y aquellos sumarios en los que intervino el Consejo Supremo de las Fuerzas Armadas (CONSUFA) de cualquiera de ellas están ordenados por la sigla Consufa.
• Sentencias: copias de los actos dispositivos del Consufa disponiendo la pena.
• Actas de acuerdos ordinarios del Consejo Supremo: registro de las reuniones periódicas efectuadas por el Consejo para tratar reclamos, indultos, recursos, interposiciones, recursos extraordinarios, libertad condicional, etc. En dichas actas se asentaba la fecha, quiénes estaban presentes, los temas a tratar y las opiniones y análisis sobre lo qué se reclama.
• Actas de acuerdos extraordinarios: registro de las reuniones efectuadas ante situaciones especiales.
• Dictámenes de la Fiscalía General de las Fuerzas Armadas: copia encuadernada de los Dictámenes realizados por la Fiscalía durante la instrucción del sumario.
• Hoja histórico-penal: los tribunales militares en las causas que fallaran en definitiva debían llenar una hoja para remitirla para su compilación y archivo a la secretaría del Consufa (otra copia iría a la División Justicia de la Dirección General de Personal). Dicha hoja (o ficha penal) contenía datos personales, antecedentes de infracción, delito imputado y la clasificación del hecho en el marco del código. -Registro de Penados: Libro donde se encuentra registrado el personal condenado por los tribunales militares. Se encuentra el grado, nombre y apellido del penado, fecha de la sentencia, número, infracción, pena a la que se lo condena, lugar y fechas extremas del cumplimiento de la pena.

En el Departamento Archivo Intermedio se preservan dos grandes agrupamientos documentales de la Administración Nacional de Aduanas referidos a distintas aduanas, resguardos o receptorías de las provincias y territorios nacionales:
-Legajos de personal (1948 - 1958)
-Libros de registro y libros contables (1857 - 1992)
Los libros de registro abarcan distintas cuestiones sobre las importaciones, la entrada de los barcos, el manejo de personal o la administración (por ejemplo: Registro de entrada y salida de vapores, Registro exportaciones, Movimiento de bultos, Registro de manifiestos de despacho, Registro de servicios extraordinarios, Registro de transbordos, Registro de subresponsables, Libro de asistencias, Registro de sumarios, o Registro de correspondencia, entre otros).
Los libros contables consisten en libros diarios, libros caja, libro de caja mayor, etc.
Respecto de los legajos de personal, están compuestos por distintos formularios en los que se registran datos personales, familiares y trayectoria del empleado durante su desempeño en la Dirección Nacional de Aduanas, a saber:
Formulario N° I: Contiene datos personales. Documentación presentada por el ingresante, fotografía y dígito pulgar derecho del mismo. Datos de los padres, nombre y apellido, nacionalidad, fecha de nacimiento, y si viven o no.
Formulario N° II: Contiene datos sobre profesión, ocupación u oficio, estudios cursados y conocimientos que posee el ingresante.
Formulario N° III: Contiene datos familiares del ingresante, estado civil, datos personales de la esposa, nacionalidad, profesión de la misma. Datos de los hijos, sexo, nombre y apellido, fecha de nacimiento y de defunción, datos de familiares directos (padre, madre, hermanos, esposa/o e hijo/s) que presten servicios en el Ministerio de Hacienda o en alguna de sus dependencias.
Formulario N° IV: En este formulario se encuentra el resumen por orden cronológico de trabajos anteriores desarrollados en la órbita nacional, provincial o municipal, con igual o distintos regímenes jubilatorios, destacando el sueldo y las fechas de altas y bajas.
Formulario N° V: En este formulario se encuentra la foja de servicios donde se asientan: ingresos, designaciones, destinos, fianzas, ascensos, embargos, comisiones, menciones, correctivos, etc. Numerado cada asiento, se asienta la fecha de ingreso (mes, año), categoría y sueldo.
Formulario N° VI: Foja de servicios: Fecha de nombramiento del empleado, el carácter, categoría y sueldo, repartición.
Formulario N° VII: Destinos: Este formulario marca los traslados, los cambios de destinos del personal, entre Capital e interior o viceversa o entre dependencias del interior, y por pases, los cambios internos del destino del personal, entre las distintas secciones u oficinas del lugar al que presta servicios.
Formulario N° VIII: Licencias: En este formulario se hace constar el número de expediente, resoluciones, causas, términos, detalle por enfermedad, total de días de licencia, observaciones y firma del empleado.
Formulario N° IX: Inasistencias y faltas de puntualidad: En esta planilla se registran únicamente las inasistencias y fuera de hora, justificadas o no, con exclusión de licencias.
Formulario N° X: Embargos: En esta planilla se encuentran el número de expediente, la fecha, el juicio, carátula, juzgado, monto del embargo, el motivo del mismo, la fecha de levantamiento y, por último, la firma del empleado.
Formulario N° XI: Sanciones disciplinarias: En este formulario se registran la fecha de la sanción, folio, el número de decreto o resolución. En la columna de “Referencias” se colocan las causas específicas por la cual es sancionado y por último la firma del agente. En el reverso de este formulario también se encuentran las menciones y motivos de la misma.
Formulario N° XII: Domicilios: En este formulario se encuentra el domicilio, localidad y teléfono del empleado.
Formulario N° XIII: Índice de documentos anexos: en este formulario se encuentran diversos documentos agregados (p.e. certificado de buena conducta, etc.), cantidad de fojas, la firma del empleado, fecha de desglose y la firma del empleado de Personal que intervino.