La creación de esta institución tuvo lugar mediante la Ley Nº 8889 de 1912, que efectuó la reorganización de la Dirección General de Obras de Salubridad, constituyendo la Dirección General de Obras Sanitarias de la Nación como entidad autónoma bajo superintendencia del Poder Ejecutivo Nacional. La conducción del nuevo organismo fue confiada a un directorio compuesto por un presidente, un vicepresidente y 5 vocales elegidos directamente por el Poder Ejecutivo nacional, con acuerdo del Senado Nacional. Por otra parte, un decreto del 01/08/1912 se encargó de disolver la antigua dirección. La Ley Nº 10998 de 1919, reglamentada por un decreto del 14/11/1919, autorizó al Poder Ejecutivo Nacional para proceder por intermedio de la Dirección de Obras Sanitarias de la Nación a la realización de los estudios, proyectos y construcción de las obras de provisión de agua corriente y cloacas en todo el territorio argentino. Esta ley fue complementada por un decreto del 05/02/1920 que aprobó un nuevo reglamento de construcción y funcionamiento de las obras domiciliarias de desagüe y provisión de agua potable.
En 1943, el Decreto Nº 2743 modificó la estructura orgánica de Obras Sanitarias de la Nación, constituyéndola como administración general y estableciendo un consejo de administración como su autoridad. Este consejo se conformó con un administrador general como presidente, con los directores técnicos de Capital Federal, las provincias y territorios nacionales y con un contador general. El Decreto Nº 14530/44 completaría esta estructura con la creación del cargo de director técnico general.
El Decreto Nº 33425/44 impulsó la fusión de la Administración General de Obras Sanitarias y la Dirección General de Irrigación para constituir la Administración Nacional del Agua, entidad de carácter autárquico dependiente del Ministerio de Obras Públicas. El nuevo organismo heredó las atribuciones de 2 instituciones mencionadas, correspondiéndole las siguientes funciones: construcción y explotación de las obras para la provisión de agua potable y riesgo, desagüe cloacal y pluvial, avenamiento, defensa, saneamiento, administración de agua pública y todo lo referente al aprovechamiento, sistematización y policía de las aguas superficiales y subterráneas. La conducción del organismo estaba a cargo por un consejo de administración, integrado por un administrador general, un director técnico general, un director comercial, un director de finanzas y contabilidad y un director de asuntos legales, todos estos designados por el Poder Ejecutivo Nacional. El Decreto Nº 29878/45 reglamentó el funcionamiento de la entidad. En 1946 se decretó la intervención de la Administración Nacional del Agua, siendo posteriormente disuelta por Decreto Nº 21086/47. De este modo, volvió a constituirse el consejo de administración de Obras Sanitarias de la Nación, aunque manteniéndose la estructura orgánica de la entidad disuelta.
En 1949, se sancionó la Ley Orgánica de la Administración General de Obras Sanitarias la Nación Nº 13577, que determinó el carácter autárquico de la institución, aunque con superintendencia del Poder Ejecutivo Nacional y estableció como objetivos el estudio, proyecto, construcción, renovación, ampliación y explotación de las obras de provisión de agua y saneamiento urbano en la Capital Federal y ciudades y pueblos de la república, y la exploración, alumbramiento y utilización de las aguas subterráneas. La entidad podía ser autorizada por el Poder Ejecutivo Nacional para establecer industrias de extracción o producción de la materia prima o los materiales necesarios para sus servicios, o para participar en empresas mixtas para tales fines. La institución estaba dirigida por un consejo de administración presidido por un administrador general e integrado por un director general técnico, un director general de explotación comercial, un director general de finanzas y contabilidad, un director general de asuntos jurídicos, un director general de personal y asistencia social.
En 1955, la institución fue intervenida por medio del Decreto Nº 1116, introduciéndose posteriormente modificaciones en su organización. En este sentido, el Decreto-Ley Nº 3101/57 reestableció al directorio como máximo órgano de conducción, componiéndolo con un presidente, un vicepresidente y 5 vocales. La estructura orgánica de la institución pasó a estar integrada por un secretario general, un director general técnico, un director general comercial, un director general de contabilidad, un director general de asuntos jurídicos, un director general de acción social y un departamento de personal. En 1966 comenzó a funcionar bajo la dependencia del Ministerio de Economía y Trabajo, que había absorbido al Ministerio de Obras y Servicios Públicos como secretaría. En el mismo año, la Ley Nº 16915 suprimió el directorio y reestableció una estructura concentrada en la figura de un administrador general, luego complementada con la creación del cargo de sub-administrador por medio de la Ley Nº 17071. En 1969 volvió a funcionar bajo el rehabilitado Ministerio de Obras y Servicios Públicos, constituyéndose como empresa del Estado por medio de la Ley Nº 20324 de 1973. En este mismo año fue absorbida por parte de la Corporación de Empresas Nacionales del Ministerio de Economía. El Decreto Nº 120/81 determinó el retorno de la empresa al ámbito del Ministerio de Obras Públicas, permaneciendo en esta condición hasta la disolución del citado ministerio y la absorción de sus funciones por el Ministerio de Economía y Obras y Servicios Públicos en 1991.
El Decreto Nº 252/89 impuso la intervención de Obras Sanitarias de la Nación. Con la sanción de la Ley Nº 23696 de Reforma del estado, la empresa fue declarada sujeta a privatización, a transferencias a jurisdicciones provinciales o municipales mediante convenio, a ordenamiento institucional empresario con la creación de un ente tripartito entre la Municipalidad de Buenos Aires, la Provincia de Buenos Aires y la misma institución, y a concesión de sus servicios de distribución y comercialización. La misma ley encomendaba la creación de un ente tripartito para el ejercicio del poder de policía en materia de prestación de los servicios de agua potable y desagües cloacales, y contaminación hídrica en el área de la Capital Federal y los partidos de la Provincia de Buenos Aires, donde conforme los convenios vigentes, prestaba servicios la Obras Sanitarias de la Nación; este mandato se concretó mediante un convenio entre la empresa, la Municipalidad de la Ciudad de Buenos Aires y el Gobierno de la Provincia de Buenos Aires en 1992, que constituyó el Ente Tripartito de Obras y Servicios Sanitarios como órgano de regulación y control. El Decreto Nº 2074/90 dispuso la concesión de los servicios de distribución y comercialización prestados por la empresa y la consecuente operatividad de las plantas de producción y tratamiento para la atención de dichos servicios. La Resolución Nº 97/91 del Ministerio de Economía y Obras y Servicios Públicos creó la Comisión Técnica de Privatización de Obras Sanitarias de la Nación bajo la directa dependencia de la Subgerencia de Obras y Servicios Públicos en carácter de autoridad de aplicación. Esta comisión fue integrada por el Interventor de la empresa y representantes del Ministerio de Economía y Obras y Servicios Públicos, de la Secretaría de Planificación de Presidencia, de la Comisión Bicameral del Congreso Nacional y de la Federación Nacional de Trabajadores de Obras Sanitarias. La Resolución Nº 186/92 aprobó el contrato de concesión entre el Estado Nacional y Aguas Argentinas Sociedad Anónima, siendo ratificado posteriormente por el Decreto Nº 787/93. Simultáneamente, el Decreto Nº 999/92 aprobó el reglamento administrativo regulatorio de los distintos aspectos de los servicios públicos de provisión de agua potable y desagües cloacales de competencia de Obras Sanitarias de la Nación que se iban a otorgar en concesión, determinando también las condiciones de funcionamiento del Ente Tripartito de regulación y control. La Resolución N° 287/96 del Ministerio de Economía y Obras y Servicios Públicos inició el proceso de liquidación de la empresa. Finalmente, la Resolución Nº 1049/00 del Ministerio de Economía determinó la conclusión del proceso de liquidación a los 90 días de la publicación de este acto dispositivo.
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