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En 1943, a través del decreto ley 17.550 se creó la Policía Federal, bajo dependencia de Presidencia de la Nación. La misma tendría competencia en las provincias y su jefatura englobaba también a la Policía de la Capital. En 1944, esto se modificó transformando la ex policía de la Capital en Policía Federal por el Decreto 33.265 /44.
La ley orgánica de la Policía Federal se dictó mediante el Decreto Ley 333/1958, que se reglamentó por el Decreto 6580/58.
En 1970, se reestructuró el sistema de seguridad argentino. A través de la Ley 18711/70 se determinaron las misiones, funciones y jurisdicciones correspondientes a Gendarmería Nacional, Prefectura Naval Argentina y Policía Federal. Hubo una redefinición de la Policía Federal como una institución de seguridad pública que cumplía funciones de policía de seguridad y judicial. Se estableció, a su vez, la jurisdicción territorial de la PFA en la Capital Federal, excluida su zona portuaria; en el territorio de las provincias, excepto las zonas de seguridad de frontera y aquellas que oportunamente se determinasen; en cualquier otro lugar del país a requerimiento de la Justicia Federal. La Ley además estableció que la Policía Federal dependía del Ministerio del Interior.
Ya bajo plena vigencia de la Doctrina de Seguridad Nacional hubo un vuelco para reforzar la estructura de mando jerárquica. Hacia 1971, se llevó adelante una reestructuración general y profunda de la estructura orgánica de la PFA. Las direcciones existentes elevaron su rango jerárquico y pasaron a ser Superintendencias. En este sentido, se generó la integración de la estructura orgánico-funcional del Sistema de Seguridad Interior con el de Defensa Nacional, subordinándose las fuerzas de seguridad a la dirección y control operacional de las fuerzas armadas. En esta etapa se definió que las fuerzas de seguridad debían ser dirigidas por un integrante de las fuerzas armadas en actividad con el grado de Oficial Superior, situación que persistió hasta el retorno de la democracia.
En la Directiva del Comandante General del Ejército Nº 404/75 se estableció que la Jefatura de la PFA y los elementos con asiento en la Capital Federal quedaran bajo control del Comando General del Ejército, a los efectos del cumplimiento de “la lucha contra la subversión”. Lo cual se reforzó bajo el régimen de terrorismo de Estado implantado por el “Proceso de Reorganización Nacional” con los decretos ley de reestructuración de la fuerza N°21.965/79 y 22668 y 23004 de 1983 y su decreto reglamentario 1866/83.
En 1992, se promulgó la Ley 24.059 de Seguridad Interior, que estableció las bases jurídicas, orgánicas y funcionales del sistema de planificación, coordinación, control y apoyo del esfuerzo nacional de policía tendiente a garantizar la seguridad interior. El sistema de seguridad interior integró a las Policías Federal, de Seguridad Aeroportuaria, a las provinciales que adhirieran a la ley, Gendarmería Nacional y Prefectura Naval Argentina.
Por decreto 357/2002, la Secretaría de Seguridad Interior pasó a Presidencia de la Nación junto con sus funciones de policía. Luego, en ese mismo año, por decreto 1210 las funciones de seguridad pasaron a la órbita del Ministerio de Justicia, Seguridad y Derechos Humanos.
Por decreto 1697/2004 la Policía Federal y las funciones de seguridad volvieron a la órbita del Ministerio del Interior.
Luego, a través de la ley 26338/2007 pasó a la órbita del Ministerio de Justicia, Seguridad y Derechos Humanos.
Mediante el decreto 1993/2010 se creó el Ministerio de Seguridad y la Policía Federal pasó a formar parte de la nueva cartera según consta en la modificación del artículo 2° de su estatuto.
El último movimiento importante de la estructura de la Policía Federal se dio a través del convenio 1/16 entre El PEN y el gobierno de la CABA a través del cual se efectuaba el traspaso de las facultades, efectivos, recursos y estructura administrativa de la Policía Federal a la Policía Metropolitana en lo que respecta a todas las materias no federales ejercidas en la CABA. El proceso del traspaso se fue desarrollando en los años subsiguientes.